COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.736200
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 15.996286
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.300440
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 16.866966
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 17.364057
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 18.058401
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 18.924947

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 4.741170
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 4.966963
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 5.291659
2021-01-21 17:00:00 3.239114 3.239114 5.715695
2021-01-20 17:00:00 4.390935 4.390935 6.305055
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 6.881383
2021-01-18 17:00:00 1.353745 6.314547 7.568551

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 17.796537
2021-01-23 17:00:00 12.016293 19.471947 18.422416
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 18.590986
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 19.133626
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 19.031436
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 18.713213
2021-01-18 17:00:00 21.212121 17.841079 19.323868

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 12.985768
2021-01-23 17:00:00 14.607558 14.607558 12.877972
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 13.147337
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 13.222136
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 13.076492
2021-01-19 17:00:00 8.925234 8.925234 12.951826
2021-01-18 17:00:00 16.699282 16.699282 13.059437

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 11.157422
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 11.179555
2021-01-22 17:00:00 24.064404 10.690638 11.347667
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 11.595726
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 11.701259
2021-01-19 17:00:00 12.445039 20.990250 11.870030
2021-01-18 17:00:00 15.616798 23.698600 12.096269

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 27.543001
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 28.069103
2021-01-22 17:00:00 32.942040 32.942040 28.768496
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 29.144271
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 29.254109
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.735268 29.975639
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.500387 30.886260

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 13.527115
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 14.177278
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 14.867464
2021-01-21 17:00:00 10.233645 10.233645 15.791942
2021-01-20 17:00:00 9.986625 9.986625 16.711463
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 17.774535
2021-01-18 17:00:00 17.465753 68.093607 18.896958

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 8.335307 6.731260 8.148275
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 8.280894
2021-01-22 17:00:00 6.955621 6.955621 8.702558
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 9.327139
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 9.990882
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 10.738631
2021-01-18 17:00:00 12.214596 17.950693 11.567651

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 11.799075
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.899323
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.889302
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 12.231658
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 12.804129
2021-01-19 17:00:00 7.316314 7.316314 13.226024
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 13.783488

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 20.644831
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 20.825846
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 20.997179
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 21.361506
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 21.585388
2021-01-19 17:00:00 20.217391 10.752688 21.737012
2021-01-18 17:00:00 22.825878 22.825878 22.089879

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 10.577298
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 10.525041
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 10.737518
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 10.774213
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 10.791139
2021-01-19 17:00:00 14.469972 8.656860 10.957085
2021-01-18 17:00:00 10.797799 10.872799 10.969710

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 10.334347 16.803954 9.181383
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 9.209366
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 9.009281
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 9.194424
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 9.344893
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 9.392639
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 9.487527

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 70.055437
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 70.511283
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 70.699658
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 69.207328
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 67.305704
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 65.158490
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 63.110316

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 51.989524
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 52.781643
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 53.155248
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 54.120878
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 54.849587
2021-01-19 17:00:00 22.448980 46.579805 54.837795
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 54.933825

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 16.700542
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 16.543717
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 16.580078
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 16.971300
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 17.503206
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 18.100054
2021-01-18 17:00:00 18.354430 18.354430 18.720401

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 68.781543 68.781543 30.552867
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 30.016622
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 29.070801
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 29.061136
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 28.602962
2021-01-19 17:00:00 16.585366 21.794872 28.380260
2021-01-18 17:00:00 19.572608 27.537938 28.020210

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 7.611903
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 7.574292
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 7.812412
2021-01-21 17:00:00 5.970898 9.429477 7.993239
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.108763
2021-01-19 17:00:00 4.885701 4.885701 8.310474
2021-01-18 17:00:00 10.044313 10.044313 8.559513

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 20.212520 22.778787 22.828039
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 23.464948
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 24.070135
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 24.599238
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 25.233744
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 25.822684
2021-01-18 17:00:00 25.437898 21.130952 26.230231

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.452858
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.464274
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.687270
2021-01-21 17:00:00 9.011107 9.011107 8.846761
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 9.108210
2021-01-19 17:00:00 5.736729 5.736729 9.314736
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 9.670500

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 22.585857
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 22.324120
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 22.185524
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 21.854085
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 21.801087
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 21.356281
2021-01-18 17:00:00 43.119266 20.449633 20.505603

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 22.631087
2021-01-23 17:00:00 10.416667 35.416667 23.295943
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 23.584327
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 23.234700
2021-01-20 17:00:00 13.861386 13.861386 23.038484
2021-01-19 17:00:00 36.170213 18.085106 22.627909
2021-01-18 17:00:00 15.942029 15.942029 22.870456

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 37.976088
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 39.665051
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 39.234682
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 40.168129
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 41.158775
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 42.328149
2021-01-18 17:00:00 54.714912 54.714912 43.660264

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.072171 4.072171 4.741170
Basilicata 17.777778 17.777778 17.796537
Calabria 11.587040 11.587040 12.985768
Campania 9.525082 9.525082 11.157422
Emilia-Romagna 22.874456 22.874456 27.543001
Friuli Venezia Giulia 21.112040 21.112040 13.527115
Lazio 8.335307 6.731260 8.148275
Liguria 15.404837 15.404837 11.799075
Lombardia 21.056662 21.056662 20.644831
Marche 17.106549 17.106549 10.577298
Molise 10.334347 16.803954 9.181383
P.A. Bolzano 52.484076 52.484076 70.055437
P.A. Trento 42.810458 42.810458 51.989524
Piemonte 16.747835 16.747835 16.700542
Puglia 68.781543 68.781543 30.552867
Sardegna 7.836991 7.836991 7.611903
Sicilia 20.212520 22.778787 22.828039
Toscana 9.070529 9.070529 8.452858
Umbria 21.147260 21.147260 22.585857
Valle d'Aosta 23.287671 23.287671 22.631087
Veneto 39.899833 39.899833 37.976088

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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